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抛光机操作的关键是要设法得到的抛光速率，以便尽快除去磨光时产生的损伤层。同时也要使抛光损伤层不会影响最终观察到的组织，即不会造成假组织。前者要求使用较粗的磨料，以保证有较大的抛光速率来去除磨光的损伤层，但抛光损伤层也较深；后者要求使用最细的材料，使抛光损伤层较浅，但抛光速率低。解决这个矛盾的办法就是把抛光分为两个阶段进行。粗抛目的是去除磨光损伤层，这一阶段应具有的抛光速率，粗抛形成的表层损伤是次要的考虑，不过也应当尽可能小；其次是精抛(或称终抛)，其目的是去除粗抛产生的表层损伤，使抛光损伤减到最小。
