全自动氨基酸分析仪柱头中的过滤器是用金属烧结而成的，它具有很小的孔径(约0.2μm)，如果溶液中有大于该直径的微粒存在，将会引起过滤的堵塞或部分堵塞，轻者导致泵压升高，重者使分析柱堵塞。为此，配制缓冲液的程序应当是这样的：首先，用360目的尼龙沙网过滤缓冲液(粗滤)，然后，用全玻璃的溶液过滤器装上0.45μm的微孔滤膜进行超滤。配制茚三酮的缓冲液也应按上述程序进行。三是进样器洗涤液关。工作时，洗涤液要每日必换。为了防止灰尘、昆虫或其它杂质等异物的落入，制作一个有机玻璃面罩，罩在自动进样器上面(参考尺寸为：50cm×38cm×19cm)，并在面罩前部下边20cm处留一小孔，以便引入吸样泵与吸样针之间的连线。